Im Zeitraum 2017–2023 hat die Sankt-Petri-Schule eine unabhängige wissenschaftliche Kommission eingesetzt, um die Geschichte der Schule rund um und während der deutschen Besetzung Dänemarks zu untersuchen.

Das Forschungsprojekt entspringt dem langjährigen Wunsch, die Geschichte von Sankt Petri unabhängig und wissenschaftlich zu beleuchten, nicht zuletzt, weil Sankt Petri seit Jahrhunderten ein zentraler Ort der dänisch-deutschen Begegnung und Kultur in Dänemark ist. Im Projekt wird die Frage nach der Wechselwirkung zwischen dem nationalsozialistischen Deutschland, das Lehrer und Schulleitungen an die Schule entsandte, und den dänischen Behörden, die seit Mitte der 1930er Jahre von den Entwicklungen in Deutschland und später der Besatzungsmacht beeinflusst wurden, untersucht behandelt worden. Ein besonderer Schwerpunkt lag auch auf dem Thema jüdischer Schüler und ihrer Schulbildung. PhD Jacob Halvas Bjerre war mit dem Nationalmuseum verbunden und arbeitete an dem Projekt, das bis Oktober 2023 in Buchform bei einem dänischen Verlag veröffentlicht wird. Im Zusammenhang mit der Veröffentlichung des Buches finden öffentliche Veranstaltungen statt.